Ich hätte da mehrere Ideen, die dir vielleicht helfen können:
Unterteil doch zum Üben mal die Notenwerte komplett in Achtel. Also statt jeder Viertel spielst du zwei Achtel auf dem jeweiligen Ton, statt der punktierten Viertel drei Achtel usw. Das hilft dir dabei, erstmal eine genaue Vorstellung davon zu bekommen, wie lang die Töne im Verhältnis zueinander sein müssen. Das klappt auch gut bei komplizierteren Figuren, dann unterteilt man immer jeweils in den kleinsten Notenwert der vorkommt. Wenn das mehrfach nacheinander funktioniert hat, stößt du die unterteilten Töne immer weniger an, bis du dir die Unterteilung nur noch denkst, aber das spielst, was in deinen Noten steht.
Um sich mal wirklich klar zu machen, wie man zählen muss, ist es auch oft eine Hilfe, einfach für jeden Taktschlag einen kleinen Strich an der richtigen Stelle über oder unter die Noten zu malen. Und dann ganz bewusst mit dem Fuß mitzählen oder ein Metronom benutzen, um zu kontrollieren, ob man wirklich so spielt, wie man es eingezeichnet hat.
Zusätzliche Sicherheit gibt es auch, wenn man einen Rhythmus, der einem Probleme bereitet, vor dem Spielen erstmal klatscht oder singt. Dann fällt es oft leichter, das anschließend auf das Instrument zu übertragen. Du kannst auch die Problemstelle erst nur auf einem Ton spielen, damit du dich ganz auf das Zählen konzentrieren kannst, ohne noch an irgendwelche Griffe usw. denken zu müssen.(Klappt natürlich nur, wenn man im Prinzip weiß, wie es richtig ist, sonst hilft das nicht wirklich weiter)
Wenn es immer die gleichen Figuren sind, die dir Probleme machen, such dir doch mal einfache, bekannte Melodien, in denen das vorkommt. Wenn man etwas kennt, ist es oft leichter zu spielen, weil man ja schon weiß, wie es klingen soll, wenn es richtig ist. So kannst du vielleicht ein Gefühl für den Rhythmus entwickeln und das dann auch auf fremde Stücke übertragen. Bei Punktierte Viertel, Achtel, zwei Viertel fällt mir z.B. der Anfang von "Alle Vögel sind schon da" ein (sorry, blödes Beispiel, gibt aber bestimmt noch bessere!).
Viel Spaß und Erfolg beim Ausprobieren!